Svoj čas je bilo v Kopru poleg stolnice še nad 50 manjših in večjih cerkva in kapel. Mnoge med njimi so pripadale raznim redovom, bratovščinam in zasebnikom. Veliko teh cerkva je bilo ukinjenih pod cesarjem Jožefom II. in za časa francoske okupacije. V upravi koprske župnije so danes te cerkve : Sveti Blaž v Dellavallijevi ulici, Sveti Bas na Prešernovem trgu, Sveti Nikolaj v Kidričevi ulici, Sveta Trojica v Kidričevi ulici, nekdanja kapucinska cerkev svete Marte v Goriški ulici. Sveta Ana je frančiškanska cerkev na Destradijevem trgu.